在《火影忍者》主線劇情結束多年後,世界迎來短暫和平
火之寺孤兒悠真,體內封印著特殊尾獸查克拉,在成長中備受異樣眼光
一次偶然,悠真結識了璃月和翔太,三人一同前往木葉村參加忍者考試,開啟忍者生涯
不久,村子周邊出現神秘失蹤事件,悠真三人所在的小隊奉命調查,發現與一個擅長詭異忍術、企圖收集特殊查克拉以喚醒邪惡力量、顛覆忍者世界的神秘組織有關
在追蹤過程中,他們曆經重重困難,相互信任、配合,憑藉各自的能力和智慧化險為夷,夥伴間的羈絆不斷加深
最終決戰,木葉村陷入危機,悠真小隊與敵人殊死搏鬥,悠真成功掌控體內力量,與夥伴合力擊敗神秘組織,化解危機
戰後,他們成為木葉新一代的中堅力量,繼續守護著和平,書寫屬於他們的傳奇